一、審查及項目評審
管理中心負責受理創(chuàng)新基金項目的申請，并按下列程序組織審查和項目評審：
1．對企業(yè)和推薦單位提交的申請及推薦材料進行審查；
2．審查合格的項目，管理中心將組織有關專家和機構對其進行立項評審、評估；
重大項目采取重大項目的立項審查方式；
3．經評審、評估的項目，根據評審、評估結果，擇優(yōu)確定擬支持項目；
地方基金業(yè)已支持的項目，其地方評審意見和結果，作為立項評審結果的組成部分；
4．確定擬支持的的項目，由管理中心上報科技部、財政部批準。
二、立項
1．經科技部、財政部批準立項的創(chuàng)新基金項目，管理中心將在創(chuàng)新基金網站以及《科技日報》、《中國高新技術產業(yè)導報》等相關新聞媒體上分期發(fā)布公告。
2．立項項目公告發(fā)布之日起的兩周內為立項項目異議期，管理中心受理項目異議。項目異議受理電話：010-63952229-310，E-mail：tous@innofund.gov.cn
異議期內，推薦單位負責立項項目的實地審驗、地方政府支持資金的落實。項目有重大異議、項目及項目承擔單位發(fā)生重大變化、地方政府支持資金不能落實等的項目，管理中心將推遲與項目承擔單位簽定項目合同，直至取消支持計劃。
3．管理中心在異議期后向立項項目承擔企業(yè)或推薦單位寄送《科技型中小企業(yè)技術創(chuàng)新基金項目合同》（以下簡稱“《合同》”），并與企業(yè)、推薦單位簽訂《合同》；《合同》一經生效，將向項目承擔企業(yè)分期撥付項目資金。
4．為能準確反映創(chuàng)新基金、地方資金支持以及企業(yè)自籌資金的到位情況和使用情況，確保?？顚Ｓ?，并有利于對其進行監(jiān)督檢查，無償資助項目的承擔單位，須對項目進行單獨核算。
三、監(jiān)理驗收
1．管理中心對創(chuàng)新基金項目的實施全過程監(jiān)督管理。《合同》是監(jiān)理工作的主要依據，監(jiān)理的要求與相關文件將與《合同》一并寄送企業(yè)。
2．管理中心委托各省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市和新疆生產建設兵團的科技主管部門，以及獲得推薦單位資格的副省級城市的科技主管部門、國家高新區(qū)管委會作為本轄區(qū)內創(chuàng)新基金項目的監(jiān)督管理單位（以下簡稱“地方監(jiān)理單位”）， 并根據項目推薦與屬地管理相結合的原則，對項目實施監(jiān)督管理。
3．創(chuàng)新基金項目承擔企業(yè)須在項目執(zhí)行期內，根據管理中心的規(guī)定，按時上報《科技型中小企業(yè)技術創(chuàng)新基金項目監(jiān)理信息調查表》。地方監(jiān)理單位按規(guī)定上報《項目監(jiān)理意見表》。
各省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市和新疆生產建設兵團的科技主管部門要在完成每期監(jiān)理的十五天內，將所轄地區(qū)所有項目的監(jiān)理意見匯總后，抄送省級財政部門。